原型進化軟件開發模型的思路是：先開發一個原型軟件系統交付用戶使用，然后根據用戶的使用意見和新的需求，對原型系統不斷改進，推出新的軟件版本，直到推出滿足用戶需求的最終軟件版本，在這一模型中，軟件定義、開發和軟件驗證是交替進行的，而不是像瀑布模型那樣各個階段是相互獨立的。然而，從工程和管理的角度看，原型進化模型存在兩方面的問題如下：
(1)隨著軟件開發過程中版本的快速更新，軟件文檔不能得到及時更改和提交，項目管理者很難掌握軟件的開發過程和進度，項目管理、軟件配置管理會變得復雜起來。
(2)由于開發過程中軟件版本的不斷快速變化，可能損傷軟件的內部結構，使其缺乏整體性和穩定性，使軟件以后的維護困難。對于小型和中型軟件項目(最多達500 ooo行代碼)，原型進化模型應該是最好的開發方法。對于大型的、復雜的系統，對于需要不同的開發團隊來開發系統的不同部分，而
采用原型進化模型耍建立一個穩定成熱的系統體系結構是很困難的，這樣很難實現開發團隊間的協調工作和系統集成。
對于大型系統軟件的開發，可采用瀑相模型和原型進化模型的混合開發方法，將上述兩種模型的優點結合起來。如用原型進化模型方法快速開發出一個軟件原型供用戶和開發人員評價，以此來解決軟件定義的不確定性問題；對于軟件需求明確的系統部分，用瀑布模型來開發，其他部分，如用戶界面的設計，事先定義好是有困難的，這時可用原型進化模型進行開發。
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